对几乎足不出户的沐小凌来说，大街上任何一个小东西都能引起他极大的兴趣，左手拿着粮糊炉，右手拿着烧瓶，玩得不易乐乎，终于，发现了异样，周围的男男女女都用异样的眼睛看着自己，尤其是男人，这才让他想到这里不是女尊国，不由得有些尴尬。自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验……   本片为同名美剧的第二部剧场版。